無菌アイソレーターは、新生児や消化管の機能が低下した患者への栄養補給に使用される混合輸液(ビタミン、微量元素、油脂)などの物質を製造するために使用されます。この種の用途に使用されるアイソレーターは、TPN(Total Parenteral Nutrition)アイソレーターとも呼ばれます。無菌アイソレーターのその他の用途としては、組織工学や生細胞の処理がある。ここでは無毒性物質のみを処理するため、アイソレーターは過圧条件下で作動します。そのため、無菌アイソレーターは何よりもまず、製品保護のために設計されています。
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