分離する断片サイズの範囲によって、ゲルのアガロース濃度の選択が決まる。一般的なアガロース濃度は0.5%から3.0%である。大きなDNA断片には低濃度のゲルが必要であり、小さなDNA断片には高濃度のゲルが推奨される。弱いゲル(0.5%アガロース)は低温(例えば-4℃)で電気泳動すべきである。ルーチンの電気泳動には、0.75%~1.0%のアガロースゲルが、広範囲の分離(0.15~15kb)に推奨される。2~4%のアガロースゲルは通常PCR断片の分離に使用される。ゲルを写真に撮る必要がある場合は、厚いゲルや高率のゲルよりも、低率のアガロースで薄いゲル(2~3 mm)の方がよい。後者では不透明度が増し、自家蛍光が生じる。
電気泳動バッファー
TAEバッファーは長さが4 kbを超えるフラグメントの分離に最適ですが、0.1~3 kbのフラグメントにはTBEバッファーを選択する必要があります。TBEはTAEよりも緩衝能が高く、導電率が低いため、高電圧電気泳動に使用する。さらに、TBE バッファーは、同等の電圧で TAE よりも発熱が少なく、pH の大幅なドリフトがありません。注意:緩衝能が低いため、全長電気泳動、特に高電圧では、TAEを時々循環または混合する必要があります。
温度の影響
高電圧での電気泳動は熱を発生します。さらに、TAE のような高導電性緩衝液は、低導電性緩衝液よりも多くの熱を発生します。
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