ATAC-seq(トランスポザーゼ・アクセシブル・クロマチンのアッセイ、次世代シーケンサー)は、アクセス可能なクロマチンをゲノムワイドにマッピングするための重要な技術である。この技術は、露出して開いたクロマチンを切断すると同時に、その後の増幅と配列決定のためにアダプターをライゲーションするトランスポザーゼTn5の使用に基づいている。ATAC-seq法により、以下のことが可能になる:
遺伝子制御に関する洞察とオープンクロマチンシグネチャーの理解
ヌクレオソームの位置を一塩基分解能で決定する
転写因子(TF)占有率の解明
Diagenode社のATAC-seqキットは、1反応あたり50,000細胞に最適化された高度に検証されたプロトコールに基づいています。キットには、細胞溶解、核抽出、タグメンテーション、DNA精製、およびライブラリー増幅のための試薬が含まれている。マルチプレックス用のプライマーインデックスはキットに含まれていないため、別途購入する必要がある。
ATAC-seqキットの特徴
必要細胞数50,000細胞/rxn
レプリケート間および反復実験間で高い再現性を持つ堅牢なプロトコル
DiagenodeのMicroChIP DiaPureカラム(付属)を用いたタグメンテーション反応後の容易で効率的なDNAキャプチャー
ライブラリー増幅に必要なサイクル数を決定するための追加のqPCRステップ:
過剰増幅を回避
ライブラリー調製を成功させるために、より困難なサンプルへの適応/柔軟性を可能にします。
実験がうまくいかなかった場合(qPCR増幅が行われなかった場合)に、早期の兆候を示します。
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