細菌、酵母、真菌、マイコプラズマなどによる細胞培養の偶発的な汚染は、汚染した微生物の急速な増殖と細胞培養の劣化につながる。これを避けるためには、すべての取り扱いを無菌状態で行う必要があり、通常、抗菌剤を予防的に使用することが有利である。細胞培養に抗菌剤を使用する場合、培養している細胞に対する毒性の可能性を考慮することが重要である。したがって、高濃度を避け、特に外科検体由来の初代細胞培養のように、汚染のリスクが実際にある場合に抗菌剤を使用することが重要である。抗菌剤の培養安定性には限界があり、場合によっては培地を交換する必要がある。抗菌剤の作用機序は様々であり、活性スペクトルも様々であるため、異なる抗菌剤を混合して使用することは、耐性菌の出現のリスクを最小限に抑える良い方法である。
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