シングルセルRNAシーケンスは通常、新鮮なサンプルから調製したシングルセル懸濁液をインプットとして必要とします。凍結組織のシングルセルシーケンスには、専用製品であるGEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kitを提供しています。GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kitは、組織を単一核に変換し、単一核に含まれるmRNAをNGSライブラリに変換するための完全なソリューションです。
GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kitは、凍結組織サンプルの解析だけでなく、FACSソーティングで分離した凍結細胞の単一核のシーケンスにも応用できます。また、神経細胞など直径の大きな細胞や不定形の細胞の単核解析にも利用できます。
実験用データセットの例
マウス脳の凍結海馬組織を、GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kitを用いて処理した。核の分離、分割、バーコーディングの後、単一核ライブラリーを配列決定し、得られたデータをクラスタリングした。マーカー遺伝子の発現プロファイルに基づき、SynEcoSysデータベースを用いて主要な細胞サブタイプ(興奮性ニューロン、抑制性ニューロン、グリア細胞、神経芽細胞、オリゴデンドロサイト)のアノテーションが行われた。
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