SMARTer Target RNA Capture for Illuminaは、濃縮された全RNAからcDNAを生成するために設計された完全なシステムです。ターゲットRNA-seqは、全トランスクリプトーム増幅(WTA)RNA-seq実験に内在するいくつかの課題を克服し、シーケンスカバレッジを向上させ、低量で存在する可能性のある目的の転写産物の検出感度を向上させることができます。ターゲットRNA-seqアプローチは、コスト削減と解析の簡素化という点でも有利である。cDNA合成の前に目的の転写産物を濃縮することで、キメラ遺伝子融合、転写産物アイソフォーム、スプライスバリアントなど、他の方法では見逃されるか、検出するためにはるかに多くのシーケンスリードを必要とする転写産物に関する情報を取得することができる。感度を向上させることで、S/N比の低下に見られるように、解析力も向上する。
SMARTer Target RNA Capture for Illuminaワークフローでは、トータルRNAをユーザーがデザインしたビオチン化DNAプローブと4時間以内にハイブリダイズさせ、ストレプトアビジンでコーティングした磁性粒子であるCapture Beadsに捕捉する前に精製します。Capture Beadsは、タンパク質や核酸の吸着が特に低く、PCRや逆転写のような下流の反応に干渉しないことから選択され、ビーズに付着したまま標的サンプルのcDNA合成を行うことが可能です。Capture Beadsは、SMARTer Target RNA Capture for Illuminaキットの一部として提供されます。
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