イメージングマスサイトメトリー(IMC™、Standard BioTools)やハイプレックス蛍光パネル(Akoya PhenoCycler®)などの新しい染色技術によって、空間生物学を用いた腫瘍微小環境の調査が可能になるにつれ、データから意味のある違いを見つけることが困難になってきています。
マルチプレックス画像解析のニーズに応えるエンドツーエンドのワークフローは、すべてのステップを1つのソフトウェアに集約しています:
ビジュアライズ
主要なマルチプレックス画像フォーマット(Akoya Biosciences, Standard BioTools, Lunaphore, Rarecyte, Ionpath, Canopy Biosciences, Olympus, Zeiss and more)から画像をインポートできます。バイオマーカーの組み合わせのユーザー定義カラーチャンネルグループを設定し、細胞タイプ/マーカーグループの迅速な視覚化と初期画像QCのために簡単に切り替えることができます。個々のチャンネルまたはチャンネルグループに色を割り当て、各チャンネルに良好なデータが含まれていることを確認することができます。QCステップで、個々のチャンネルをダウンストリーム解析から除外することができます。
組織を分類する
腫瘍、間質、壊死、アーチファクトなど、サンプルの形態的な領域を検出するために、マーカーの任意の組み合わせでPaint-to-Train AIベースの組織セグメンテーションを使用します。これらの領域を使用して、腫瘍や間質などに対する免疫細胞やその他の細胞集団の局在をより正確に把握する。さらに腫瘍を小領域に分割し、非関連領域(ブランクスライド、アーチファクトなど)を自動的に除外し、特定の関心領域の周囲にマージンを作成する(例えば、浸潤腫瘍フロントを定義するため)。
細胞を検出する
蛍光(DAPI)およびイメージングマスサイトメトリー(DNA-イリジウムチャンネル)のために、事前に訓練されたディープラーニングベースの核検出およびセルセグメンテーションアルゴリズムを使用してください。あなたがあなたの細胞検出のための特別な要件を持っている場合、
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