O microscópio confocal é um microscópio de observação com alta resolução em comparação com microscópios ópticos médios. Detecta um objecto por pontos e faz uma imagem 2D ligando os pontos.
Como é possível construir dados 3D, incluindo objectos com superfícies rugosas, é possível obter uma imagem de camada de superfície com secção transversal. E também, é possível observar a imagem da secção transversal porque tem resolução na direcção Z.
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