A gama de tamanhos de fragmentos a separar determinará a escolha da concentração de agarose para um gel. A concentração típica de agarose é de 0,5% a 3,0%. Para fragmentos grandes de ADN são necessários géis de baixa percentagem, enquanto que para fragmentos pequenos de ADN são recomendados géis de elevada percentagem. Os géis fracos (0,5% de agarose) devem ser electroforeseados a baixas temperaturas (por exemplo, -4°C). Os géis de agarose de 0,75% a 1,0%, para eletroforese de rotina, são recomendados para uma vasta gama de separações (0,15 a 15 kb). os géis de agarose a 2...4% são normalmente seleccionados para a resolução de fragmentos PCR. Se o gel tiver de ser subsequentemente fotografado, os géis finos (2 a 3 mm) com baixa percentagem de agarose são melhores do que os géis espessos ou de elevada percentagem. Estes últimos produzem maior opacidade e autofluorescência.
Tampão de eletroforese
O tampão TAE permite uma resolução óptima de fragmentos de comprimento superior a 4 kb, enquanto que para fragmentos de 0,1 a 3 kb deve ser selecionado o tampão TBE. O TBE tem uma capacidade de tamponamento mais elevada e uma condutividade mais baixa do que o TAE, pelo que deve ser utilizado para eletroforese de alta tensão. Além disso, o tampão TBE gera menos calor do que o TAE a uma voltagem equivalente e não permite um desvio significativo do pH. Nota: devido à sua menor capacidade de tamponamento, o TAE deve ser circulado ou misturado de vez em quando para uma eletroforese completa, especialmente a tensões mais elevadas.
Influência da temperatura
A eletroforese a altas tensões produz calor. Além disso, os tampões de alta condutividade, como o TAE, geram mais calor do que os tampões de baixa condutividade.
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