ATAC-seq, Assay for Transposase-Accessible Chromatin, seguido de sequenciação de nova geração, é uma tecnologia fundamental para o mapeamento da cromatina acessível em todo o genoma. A tecnologia baseia-se na utilização da transposase Tn5, que corta a cromatina aberta exposta e liga simultaneamente adaptadores para posterior amplificação e sequenciação. Os métodos ATAC-seq permitem-lhe:
Obter informações sobre a regulação dos genes e compreender as assinaturas de cromatina aberta
Determinar as posições dos nucleossomas com uma resolução de um único nucleótido
Descobrir a ocupação de factores de transcrição (TF)
O kit ATAC-seq da Diagenode baseia-se num protocolo altamente validado e optimizado para 50.000 células por reação. O kit inclui os reagentes para lise celular e extração de núcleos, marcação e purificação de ADN, bem como para amplificação de bibliotecas. Os índices de primers para multiplexagem não estão incluídos no kit e devem ser adquiridos separadamente.
Características do kit ATAC-seq:
Necessidade de células: 50.000 células / rxn
Protocolo robusto com elevada reprodutibilidade entre réplicas e experiências repetitivas
Captura fácil e eficiente de ADN após a reação de marcação utilizando as colunas MicroChIP DiaPure da Diagenode (incluídas)
Passo adicional de qPCR para determinar o número de ciclos necessários para a amplificação da biblioteca:
Evita a sobre-amplificação
Permite a adaptação/flexibilidade para que amostras mais difíceis sejam bem sucedidas na preparação da biblioteca.
Dá uma indicação precoce se a experiência não funcionar (sem amplificação qPCR)
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