A contaminação acidental de uma cultura celular por bactérias, leveduras, fungos ou micoplasma leva a um rápido crescimento do microrganismo contaminante e à deterioração da cultura celular. A fim de evitar isto, todos os procedimentos de manipulação devem ser realizados em condições assépticas e normalmente é vantajoso um uso profilático de agentes antimicrobianos. Ao utilizar agentes antimicrobianos em culturas celulares, é importante ter em conta a sua potencial toxicidade sobre as células cultivadas; por conseguinte, é importante evitar concentrações elevadas e utilizar estes agentes especialmente quando existe um risco real de contaminação, como é o caso da cultura primária de células derivadas de espécimes cirúrgicos. A estabilidade dos agentes antimicrobianos em cultura é limitada, sendo então por vezes realmente necessário substituir o meio de cultura por um meio fresco. Antibióticos diferentes têm mecanismos de acção diferentes e também apresentam espectros de actividade variáveis, a utilização de misturas de antibióticos diferentes ao mesmo tempo é uma boa abordagem e minimiza o risco de aparecimento de microrganismos resistentes aos antibióticos.
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