A espinha dorsal eletricamente neutra, uma característica chave dos PNAs, também oferece vantagens em FISH (hibridização in situ fluorescente). A alta especificidade do PNA por backbone electricamente neutro permite uma hibridação rápida com apenas uma pequena quantidade de sonda de PNA sem sinal de fundo significativo, resultando numa elevada relação sinal/ruído e lavagem em condições suaves. As sondas Telomere /centromere PNA FISH para análise do comprimento do telômero estão disponíveis com uma variedade de fluorescência.
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